پس از انقلاب اسلامی در سال ۱۳۵۹، در راستای تحقق بند (۴) اصل سوم قانون اساسی، مبنی بر «تقویت روح بررسی و تتبع و ابتکار در تمام زمینه‌های علمی، فنی، فرهنگی و اسلامی از طریق تأسیس مراکز تحقیق و تشویق محققان» و پیش‌برد اهداف آموزشی، «سازمان پژوهش‌های علمی و صنعتی ایران» تأسیس شد. این سازمان در جهت شناسایی، رشد و پرورش استعدادهای نهفته و بالقوه پژوهشگران، مبتکران، مخترعان و اندیشمندان این مرز و بوم، در سال ۱۳۶۶ «جشنواره‌ی بین‌المللی خوارزمی» را پایه‌ریزی کرد. بر اساس بند (ب) ماده (۲) اساس‌نامه‌ی سازمان مذکور، هر ساله مخترعان، مبتکران و پژوهشگران کشور در این جشنواره، شناسایی و طی مراسمی مورد تقدیر و تجلیل قرار می‌گیرند. به منظور پرورش، رشد و شکوفایی استعدادها و خلاقیت‌های نوجوانان و جوانان، توسعه و تعمیق روحیه‌ی پژوهش و نوآوری دانش‌آموزان، در سومین دوره‌ی فعالیت جشنواره‌ی بین‌المللی خوارزمی، در سال ۱۳۶۸، بخش «دانش‌آموزی» جشنواره با توافق دو وزارت‌خانه‌ی «فرهنگ و آموزش عالی (وقت)» و «آموزش و پرورش» ایجاد شد. این بخش با دریافت ۱۴ طرح از سطح کشور کار خود را آغاز کرد. در پنجمین دوره‌ی بخش دانش‌آموزی (هفتمین جشنواره بین‌المللی خوارزمی)، این بخش در سه مرحله‌ی استانی، کشوری و بین‌المللی برگزار شد. با توجه به اهمیت طرح‌ها و پژوهش‌های علوم انسانی در توسعه و تعالی اخلاق و معنویت و نیز توسعه‌ی متوازن تکنولوژی و فرهنگ، در سال ۱۳۷۴ گروه‌های فنی و مهندسی، علوم پایه و پزشکی به جشنواره اضافه شد و در محل حوزه‌ی علمیه قم آغاز به کار کرد. در سال ۱۳۷۵ در بخش دانش‌آموزی، گروه علوم انسانی در کنار گروه‌های علمی جشنواره ایجاد شد.

«کمیتۀ تخصصی آموزش و پرورش» ستاد با حضور افراد زیر تشکیل می‌شود: 1. دبیر اجرایی جشنواره 2. حداکثر سه نفر از کارشناسان مسابقات و جشنواره‌های سمپاد

برنامه‌ریزی و اجرای جشنواره‌ی جوان خوارزمی در وزارت آموزش و پرورش از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۹۰، به استثنای سال ۱۳۷۷ که توسط سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی اجرا گردید، در معاونت آموزش متوسطه (دفتر معاونت آموزش متوسطه و دفتر آموزش‌های فنی و حرفه‌ای و کاردانش) انجام شده است. از سال ۱۳۹۰، یعنی سیزدهمین دوره‌ی جشنواره‌ی جوان خوارزمی، با دستور وزیر آموزش و پرورش مسئولیت اجرای جشنواره به مرکز ملی پرورش استعدادهای درخشان و دانش‌پژوهان جوان (وقت) واگذار شد. مسئولیت اجرای جشنواره در سال‌های ۶۹-۱۳۶۸ بر عهده‌ی مهندس احمد چینی‌فروشان بود. از سال ۱۳۷۰ تا ۱۳۷۶ آقای مهندس سعید برنج‌چی، مشاور معاونت آموزش متوسطه و در سال ۱۳۷۷ آقای مهندس باریکانی در سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی و از سال ۱۳۷۸ تا ۱۳۸۰ مجدداً آقای مهندس سعید برنج‌چی عهده‌دار این امر بودند. از سال ۱۳۸۱ تا ۱۳۸۵ این مسئولیت بر عهده‌ی مهندس رضا رسول‌زاده، مدیرکل آموزش و پرورش فنی و حرفه‌ای، سال ۱۳۸۶ آقای مهندس احمد محمودزاده، مدیرکل آموزش‌های فنی و حرفه‌ای، سال ۱۳۸۷، مهندس نبی‌اله احمدی، مدیرکل مدارس عالی، و از سال ۱۳۸۸ و ۱۳۸۹ بر عهده‌ی مهندس محمد شریف‌زاده، مدیرکل دفتر آموزش‌های فنی و حرفه‌ای و کاردانش بود. در سال ۱۳۹۰ این مسئولیت به سید حمید حسینی، مشاور معاونت آموزش متوسطه واگذار گردید که با انتقال جشنواره به مرکز ملی پرورش استعدادهای درخشان و دانش‌پژوهان جوان (وقت)، ابتدا دکتر محسن جمالی و سپس دکتر رسول عبدالله میرزایی مسئولیت جشنواره را در سیزدهمین دوره بر عهده گرفتند. در چهاردهمین دوره، دبیری جشنواره به آقای مهندس محمد نستوه، معاون استعدادهای درخشان واگذار شد. در سال ۱۳۹۲ یعنی در پانزدهمین دوره، با توجه به جایگاه جشنواره‌ی جوان خوارزمی در معاونت دانش‌پژوهان جوان، این مسئولیت به معاون دانش‌پژوهان جوان، آقای حسن ساعی دهقان محول شد که تا هجدهمین دوره، ایشان عهده‌دار این مسئولیت بودند. در نوزدهمین دوره‌ی جشنواره‌ی جوان خوارزمی، با تغییر و اصلاحات آیین‌نامه اجرایی جشنواره، آقای عباسعلی مظفری و در بیستمین دوره، آقای عنایت سالاریان به عنوان قائم مقام رئیس ستاد اجرایی بخش دانش‌آموزی منصوب شدند. از دوره‌ی بیست‌و‌دوم جشنواره تاکنون آقای دکتر امید نقشینه ارجمند این مسئولیت را برعهده دارند. از دوره‌ی بیست‌وچهارم تاکنون دبیر جشنواره‌ی جوان خوارزمی در بخش دانش‌آموزی بر عهده‌ی خانم زهرا عبدالحی است. لازم به ذکر است از زمان انتقال جشنواره از معاونت آموزش متوسطه در سال ۱۳۹۰ تا سال ۱۴۰۲ به ترتیب خانم مهری سویزی، آقای دکتر حسین شجاعی، خانم فاطمه مهاجرانی مسئولیت ستاد بخش دانش‌آموزی جشنواره را بر عهده داشتند و از سال ۱۳۹۹ تا کنون این مسئولیت بر عهده‌ی خانم دکتر الهام یاوری (رئیس سازمان ملی پرورش استعدادهای درخشان) است. در سال ۱۳۹۹ «مرکز ملی پرورش استعدادهای درخشان و دانش‌پژوهان جوان» به «سازمان ملی پرورش استعدادهای درخشان» ارتقاء یافت. در حال حاضر همه‌ی فعالیت‌های جشنواره‌ی جوان خوارزمی در معاونت استعدادیابی و توانمندسازی فراگیر سازمان ملی پرورش استعدادهای درخشان برنامه‌ریزی و اجرا می‌شود.